Uvod i baze

• Human Genome Project
• Aminokiseline
• Strukture
• Slike
• Primjer ulaznih nizova (hemglobini)
• Primjer loseg poravnavanja
• Zadatci za vjezbu s bazama

Needleman-Wunsch

• ulazna datoteka
• matrica za primjer
• blosum 50
• supstitucijske matrice
• "kostur" programa
• "kostur" programa -za napredniju verziju
• pretvori format-exe - za napredniju verziju
• pretvori format-source - za napredniju verziju
• ulazna datoteka primjer za pretvori - za napredniju verziju

Viterbi

• Primjer poravnavanja i iz njega dobivene 3D strukture
• HMM: opci oblik modela
• ulazni niz
• ulazna datoteka (model) (treba preimenovati u vitulaz.txt)
• "kostur" programa

Neighbour joining

• tree primjer
• matrica udaljenosti
• Neighbour joining (made by Ilinka Pavlovic) NJ1, NJ2, NJ3 , NJ4 ,NJ5, NJ6, NJ7, NJ8
• Newick tree format
• Ispis Neighbour Joining algoritma
• program za crtanje