Strukturalna i funkcionalna svojstva thioredoxina koja mozemo vidjeti iz poravnavanja:
-najocuvanije regije vjerojatno pripadaju aktivnom mjestu (disulfidni most izmedju 32. i 35. mjesta u E. coli thioredoxinu je dio ocuvanog motiva WCGPC[K ili R], ocuvane regije PT na 76-77 i GA na 92-93 mjestu imaju ulogu u vezanju substrata.)
-regije bogate insertima i deletima najvjerojatnije odgovaraju povrsinskim okretima (npr. pozicije 9, 20, 60, 95); pozicije koje sadrze ocuvane G ili P vjerojatno korespondiraju okretima (pozicije 76, 92).
-ocuvani uzorak hidrofobnosti sa razmakom 2 (tj. svaki drugi znak), sa znakovima izmedju koji nisu ocuvani i ukljucuju hidrofilne, obicno oznacava beta plocu na povrsini. (npr 50-60)
-ocuvani uzorak hidrofobnosti s razmakom priblizno jednakim 4 oznacava alfa heliks. (npr. 40-49).
Na slici (c) vidimo strukturu E. coli thioredoxina: