Zadatak 1 (nalazenje sekvence za konjsku gusteracnu ribonukleazu):

     

  1. kliknite na link "retrival of amionoacid sequences"
    2. 

  2. upisite "horse pancreatic ribonuclease", kliknite na "submit" ili  "search"
    3. 

  3. kada dobijete rezultat pretrazivanja kliknite na link lijevo od identifikatora (RNAS1_HORSE)
    4. 

  4. tu imamo razne informacije, ono sto nama treba je link na sredini stranice, "FASTA" format, kliknite na to
    5. 

  5. sada imamo svoj proteinski niz zapisan na nacin koji je pogodan za rad, kopirajte ga u notepad ili neki drugi text editor (nemojte zaboraviti identifikator)
    6. 


Zadatak 2 (nadjimo sve koji su slicni toj ribonukleazi)

    

  1. Izaberemo link "BLAST"
    2. 

  2. izaberemo "protein blast" jer mi radiomo s proteinima
    3. 

  3. kopiramo svoj niz iz notepada i zalijepimo ga u prvi prozor na vrhu oznacen s "enter FASTA sequence"
    4. 

  4. pazimo da je dolje oznacen "protein to protein BLAST" i stisnemo tipku "BLAST"
    5. 

  5. dobijemo puno proteina, uglavnom drugih gusteracnih ribonukleaza, koji su vise ili manje slicni nasem ulaznom i na vrhu sliku koja govori o slicnosti, ovdje su svi crveni, znaci visoko score, znaci jako slicni. Dolje mozemo vidjeti i poravnavanja.
    6. 


Zadatak 3 (nadjimo jos 2 ribonukleaze za 4. zadatak)

    

  1. izaberite link "retrival of aminoacid sequences"
    2. 

  2. upisite "red kangaroo", dobijete listu klokanovih proteina, nadjite "pancreatic ribonuclease", kliknite na njen identifikator (RNAS1_MACRU)
    3. 

  3. kao u Zadatku 1 dodjite do koda u FASTA formatu i zalijepite ga u isti notepad gdje je konjska gusteracnaribonukleaza
    4. 

  4. pod "retrival of aminoacid sequences" upisite "whale", nadjite pancreatic ribonuclease vrste mink whale (identifikator RNAS1_BALAC) i zalijepite kod u FASTA formatu u isti notepad prozor gdje su preostale dvije(Napomena: na ovoj pretrazi dobijemo previse rezultata da bi lako pronasli onaj koji nam treba. Iskoristimo cinjenicu da je pancreatic ribonuclease hidrolaza tj. upotrijebimo "Browse by enzyme class" i odaberemo Hydrolases-kliknite na (6).)
    5. 


Zadatak 4 (tko je srodniji)

    

  1. odaberite link "CLUSTAL W"
    2. 

  2. u vasem notepadu sa rezultatima Zadatka 3 napravite select all, kopirajte i nalijepite u prozor ClustalaW, pritisnite "submit"
    3. 

  3. nakon cekanja (ponekad i poduljeg, ovisno o opterecenosti servera) doijemo rezultate: koliko su slicni jedan s drugim - vidi score, visestruko poravnavanje sva 3 niza i mogucnost da nacrta stablo (Show colors, Guide tree)
    4. 

  4. u poravnavanju: * znaci konzervirane pozicije, dvotocka jako slicne aminokiseline,tocka donekle slicne.
    5. 

  5. prikaz stabla: odaberite tab "Guide tree", kliknete na "show as phylogram tree"
    6. 


Zadatak 5 (baza sa 3D prikazom strukture)-zahtjeva Javu i mozda dodatne plugine za browser

    

  1. odaberite link "RCSB Protein Data Bank"
    2. 

  2. pod "Site Search" imati oznaceno "PDB ID or text" i utipkati identifikator "2eng", pritisnuti Search
    3. 

  3. na desnoj strani ekrana u okviru  koji sadrzi sliku odabrati "View in Jmol".
    4. 

  4. pritiskom  lijeve tipke misa i pomicanjem na slici mozemo rotirati prikaz molekule, a pritiskom na desnu tipku misa biramo dodatne funkcije
    5.