Supstitucijske matrice:
Mi cemo koristiti tzv BLOSUM 50 supstitucijsku matricu .
Supstitucijske matrice dobivene su na temelju bioloskih razmatranja. Najpoznatije su BLOSUM i PAM. Razlikujemo ih po brojevima, npr PAM X, gdje je X neki broj i znaci da izmedju dva niza koja usporedjujemo ocekujemo X% promjena, odnosno sto je taj broj veci to su manje nizovi koje usporedjujemo srodni. Kod BLOSUM X, manji broj X znaci dulje evolucijsko vrijeme, odnosno cim je X manji to je bolji za razlicitije nizove.
Najvise se koristi BLOSUM 62, to je standard za tamo gdje nema previse gapova (crtica). BLOSUM 50 je dobar za poravnavanja u kojima ocekujemo vise gapova. PAM matrice su bolje za krace nizove (manje od 50 znakova).