3

0.80 0.15 0.05
0.20 0.70 0.10
0.00 0.00 0.00

0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05

0.85 0.10 0.05
0.20 0.70 0.10
0.20 0.10 0.70

0.03 0.03 0.24 0.13 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02
0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05

0.43 0.52 0.05
0.21 0.74 0.05
0.20 0.10 0.70

0.18 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.24 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.12 0.07 0.03 0.04 0.05
0.12 0.03 0.07 0.07 0.03 0.03 0.07 0.12 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.05

0.80 0.20 0.00
0.20 0.80 0.00
0.80 0.20 0.00

0.06 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.19 0.09 0.03 0.09 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.05 0.21
0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05

<! objasnjenje: u prvom retku je duljina modela, zatim idu 3x3 matrice tranzicija po stupcima -
<! oblika  MM MI MD
<!         IM II ID
<!         DM DI DD
<! gdje je prva matrica za "stupac" B, I0, druga za M1, I1 itd. Nakon matrica imamo emisije po 
<! aminokiselinama, prvo emisije iz M, a zatim iz I
<! aminokiseline gledamo u poretku ARNDCQEGHILKMFPSTWYV